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经查，杨子兴丧失理想信念，搞政治攀附，对抗组织审查；违反中央八项规定精神，违规接受宴请和旅游安排，用公款支付个人费用；违反组织原则，不按规定报告个人有关事项，在组织函询时不如实说明问题，在干部选拔任用工作中为他人谋取利益并收受财物；廉洁底线失守，违规收受礼品礼金，违规从事营利活动；漠视群众利益；违规插手市场经济活动；贪欲膨胀，大搞权钱交易，利用职务便利为他人在工程承揽、企业经营、职务晋升等方面谋利，并非法收受巨额财物。
2017年，中共中央办公厅、国务院办公厅就甘肃祁连山国家级自然保护区生态环境问题发出通报称，甘肃省政府党组成员、副省长杨子兴分管祁连山生态环境保护工作，在修正《甘肃祁连山国家级自然保护区管理条例》过程中把关不严，致使该条例部分内容严重违反上位法规定，对查处、制止违法违规开发项目督查整改不力，对保护区生态环境问题负有领导责任，给予其党内严重警告处分。